《青春,我们不一样》的剧情围绕志鹏中学的高一八班展开,这是一个全校成绩垫底,但充满友谊与人情味的班级。故事的主角是新生方一晴,一个自带倒霉光环的萌系女孩。由于开学时闹肚子,她晚了半个月才到学校报到。在匆忙中,她被正在骑单车的高一八班班草夏深撞到,两人因此有了“非正式”的会面。
教导主任于福因一晴晚到,将她分配到了成绩最差的八班,并安排她与夏深同桌。在夏深的“嫌弃”中,一晴开始了自己的高中生活。在八班,一晴遇到了热心肠的班长沫墨,以及热爱表演的杨洛夕和“刀子嘴豆腐心”的富家女姚子鱼。大家为了庆祝姚子鱼获得动漫节第一名,偷偷相约到校外庆祝,却在返回时因违规被教导主任发现,集体被罚扫厕所。
此后,一晴和朋友们共同经历了许多事件,包括帮助同学吴文对抗校园霸凌,以及支持洛夕参加话剧社公演等。在这个过程中,他们不仅收获了珍贵的友谊,也各自在成长中找到了自己的方向。