《星际宝贝2：史迪奇有问题》的剧情围绕着星际小怪兽史迪奇展开。在续作中，史迪奇与地球女孩莉萝的日常生活依旧充满欢笑与惊喜。某天，史迪奇突然变得行为异常，总是搞出一些意想不到的麻烦，这让莉萝倍感困惑。她尝试找出史迪奇改变的原因，却意外发现原来史迪奇可能感染了某种来自它家乡的神秘病毒。

为了治愈史迪奇，莉萝带着它踏上了星际之旅，前往史迪奇的故乡寻找解药。旅途中，他们遇到了形形色色的外星生物，有的友善，有的则充满敌意。在经历了一系列惊险刺激的冒险后，莉萝和史迪奇终于找到了治愈病毒的方法。

最终，史迪奇恢复了正常，它和莉萝也更加深入地了解了彼此。这次旅程不仅加深了他们的友谊，也让莉萝对外星世界有了更多的认识。电影以温馨感人的方式展现了友情与勇气的力量，是一部充满欢乐与感动的家庭电影。