《蜡笔小新：呼风唤雨！战国大合战》中，小新一家意外穿越时空，来到了日本战国时代。在这个混乱而英雄辈出的年代，小新以他独有的天真烂漫和无厘头风格，卷入了一场场啼笑皆非的冒险。他先是与战国大名织田信长（以夸张形象出现）不打不相识，随后又结识了忠诚的武士服部半藏，以及神秘的少女阿悠，三人结伴踏上寻找能够回到现代的“时空之玉”的旅程。

旅途中，小新一行人不仅要面对各路诸侯的纷争与挑战，还要解开围绕“时空之玉”的种种谜团。小新以他的机智和勇气，在关键时刻总能化险为夷，同时也用他独特的幽默感为紧张的战国局势带来一丝轻松与欢笑。最终，在一场惊心动魄的对决后，小新不仅找到了回家的方法，还意外地帮助战国时代的人们解决了危机，留下了深刻的“小新式”印记，而后与家人一同回到了现代。