在公元2520年，一群身份不明的网络恐怖分子对历史发动了攻击，导致历史上的伟人被抹杀，原本应由他们完成的事业未能实现，从而引发了历史的巨大变动，并导致了现代世界即将爆发一场席卷全球的大战。

为了修正这一历史漏洞，恢复历史的原貌，生活在现代的女子高中生纯（化名）与她的同级生江畑（化名）决定采取行动。他们利用某种未知的技术，穿越时空回到了过去，试图解开那些被视为“漏洞”的“暗号”之谜。这些暗号如同谜题一般，隐藏着修正历史的关键。

纯与江畑在时空中穿梭，与历史中的人物互动，收集线索，并一步步接近真相。他们不仅要面对历史上的复杂局势，还要与时间赛跑，以避免未来的灾难发生。在这个过程中，他们经历了无数的挑战与危险，但始终坚定着修正历史的信念。

经过一系列的努力，纯与江畑最终成功地解开了所有的暗号，修正了历史的漏洞，使得历史得以恢复原状，从而拯救了2020年的现代以及未来。