《小镇疑云第二季》的剧情承接了第一季的结尾，继续围绕着11岁男孩丹尼·拉蒂默谋杀案展开。在第二季中，艾莉的丈夫乔被认定为凶手并已供认罪行，但在法庭上却出人意料地翻供，声称自己无罪，这一举动再次撕开了小镇居民的旧伤口，也让艾莉陷入了深深的痛苦之中。

乔的翻供让案件变得扑朔迷离，资深但半退休的检方律师乔瑟琳与前助手毕夏普之间的法庭对抗也由此开始。毕夏普试图通过抨击艾莉和搭档亚历克·哈迪的名誉为乔辩护。与此同时，亚历克在调查乔的案件时，脑海中突然浮现出他来到小镇前曾经办过的一个旧案——桑德布鲁克谋杀案，该案涉及两个女孩的失踪，主要嫌疑人包括邻居李和他的妻子克莱尔。

随着调查的深入，真相逐渐浮出水面，而小镇的居民们也在经历了一系列的风波后，开始重建他们的生活。在这一季中，剧情紧凑，悬念迭起，让观众在紧张刺激的情节中感受到了人性的复杂与多面。