《24小时第六季》剧情紧凑，扣人心弦。故事开篇，美国十座城市同时遭到恐怖分子的炸弹袭击，造成重大伤亡。总统特别顾问托马斯·莱诺克斯主张采取强硬手段，将美国民众中信奉伊斯兰教的人隔离开，但遭到总统韦恩·帕默的反对。

随后，CTU发现伊斯兰恐怖分子阿萨德是这一系列恐怖袭击的背后主使，总统决定利用被关押在中国的杰克·鲍尔作为诱饵，以交换阿萨德。然而，事情远比想象中复杂，阿萨德并非真正的幕后黑手，而是恐怖分子法耶德为了报复杰克并戏弄美国政府所设下的幌子。

杰克在被交给法耶德后，成功逃脱并揭露了法耶德的阴谋，但政府起初并不相信。在杰克和阿萨德的联手努力下，他们发现了法耶德计划在地铁里进行自杀式爆炸袭击的阴谋，并成功制止。然而，这只是法耶德更大计划的一部分，他企图利用核弹对美国进行攻击。

在随后的剧情中，杰克和CTU成员与法耶德及其手下展开了激烈的智斗和搏杀，最终成功阻止了核弹的爆炸，但也付出了巨大的代价。