《男爵的同桌小女生》是一部描绘青春校园爱情的电影，背景设定在东南亚某国的博尼思雅成人商业培训学校。故事的主角皇甫钧，是精英班中的学霸，却因洁癖和追求完美而被称为“同桌杀手”，人缘不佳。在一次偶然的机会下，皇甫钧被迫与草根女学渣阮幂幂成为同桌。

阮幂幂不仅是个性十足，还有着独特的气味癖好，这让皇甫钧倍感困扰。起初，皇甫钧试图纠正阮幂幂的不良习惯，帮助她提高成绩，但阮幂幂却将他的好意视为挑衅。两人因此展开了一场斗智斗勇的较量。

在相处的过程中，皇甫钧和阮幂幂逐渐发现了彼此的优点，并产生了纯真的感情。然而，他们的感情之路并不平坦，遭遇了校花白宿安和其未婚妻肖乔的插足。最终，阮幂幂被陷害面临开除，皇甫钧挺身而出，帮助阮幂幂自证清白，守护住了他们的爱情。电影以两人携手面对未来的美好画面作为结局。