《法证先锋2》的剧情围绕着香港法证事务部展开，一系列错综复杂的案件接踵而至。高彦博，这位法证部的高级化验师，凭借他冷静的头脑和过人的观察力，屡次从微小的物证中找到关键线索，协助警方成功破案。然而，随着案件的不断深入，高彦博逐渐发现自己成为了某些人的目标，他的专业知识和身份被恶意利用，甚至被怀疑与某些案件有关。

与此同时，法医科的古泽琛和警方的高级督察梁小柔，也各自在调查中发现了与高彦博有关的蛛丝马迹。面对来自四面八方的质疑和压力，三人不得不携手合作，共同面对这一连串的谜团和挑战。随着真相的逐渐浮出水面，一个更大的阴谋也逐渐显现，等待着他们去解决。