《企鹅群里有特务》的剧情围绕着一群生活在南极的企鹅展开。在这部影片中，一群帝企鹅正经历着它们生命中的重大时刻——繁殖季节。影片深入描绘了企鹅们为了生存和繁衍后代所付出的艰辛努力。

其中，一只帝企鹅因为种种原因落单，孤独地行走在风雪交加的南极大陆上。它面临着重重困难，如恶劣的天气、崎岖的地形以及天敌的威胁。然而，它并没有放弃，而是坚强地前行，最终赶上了企鹅群，得以抱团取暖，继续前行。

此外，影片中还有一群特殊的“间谍企鹅”，它们被人类巧妙地伪装成企鹅模样，深入企鹅群中进行观察和记录。这些企鹅与真正的企鹅之间的互动，既有趣又充满温情，为影片增添了不少看点。

《企鹅群里有特务》以真实而细腻的镜头，展现了企鹅们在南极大陆上的生活状态，以及它们为了生存所展现出的坚韧和勇气。