《我的宠物少将军》剧情紧凑且充满奇幻色彩。故事发生在青丘国江州的青山湖畔，这里有一家广为人知的宠物店，由活泼可爱的老板娘苏小荷经营。一日，小荷在店中无意间发现了一颗神秘的“蓝魂珠”，这颗珠子竟然唤醒了来自DW星系的喵星王子。喵星王子化身为高大帅气又神秘的莫修染，并与小荷机缘巧合下缔结了“主仆契约”。

莫修染在青丘国有着特殊的身份，他是一位少将军，但因喵星王子的身份而异于常人。为了解除与小荷的契约，莫修染不得不与她一同踏上寻找真相的冒险之旅。在这个过程中，他们共同面对各种挑战，携手揭开隐藏在这一切背后不为人知的秘密。

原来，这一切都与四颗颜色不同的魂珠有关，而莫修染手中的正是其中之一。为了找到剩余的魂珠，小荷和莫修染不仅要面对来自外界的威胁，还要解开莫府内部的阴谋。在历经艰险后，他们终于成功收集了所有魂珠，并揭露了莫府玉夫人的真面目。